Tvorba reportů, prezentací a dalších

Interpretace geodat

Jan Caha

2024-04-08

R Markdown

  • balík rmarkdown, který umožňuje kombinovat psaný text s kódem v R pro tvorbu komplexních reportů

  • podpora pro tuto funkcionalitu je zakomponována přímo do RStudia

  • alternativa jsou R skripty s komentáři, což je ale značně nešikovné a hůře funkční pro delší texty

  • RStudio File -> New File -> R Markdown jednoduché okno pro volbu typu reportu (zavisí na nainstalovaných balících)

R Markdown dokument

  • začíná hlavičkou, která specifikuje nastavení - např. autor, datum, název a výstupní formát

  • hlavička má formát yaml zápisu, který je ale lidsky dobře čitelný

  • zbytek je samotný report, který obsahuje buď text, R kód, či výstupy z R kódu

  • textová část se zapisuje ve formátu Markdown

  • R Markdown: The Definitive Guide

R kód

  • zapisuje do speciální značek (bloků) - v Rstudiu Levý Ctrl + Levý Alt + I
```{r, eval=FALSE}
x <- 5
print(x)
```
  • ` uvozují kód (zpětný apostrof angl. backtick), blokový kód pomocí tří, řádkový pomocí jedné

  • tyto bloky se při překladu reporu vyhodnotí (provedou) - překlad pomocí ikony Knit nebo Ctrl + Shift + K

Parametry bloků kódu

  • lze nastavit jestli se má vkládat kód nebo jen výsledky

  • zda se má daný blok interpretovat

  • parametry obrázků

  • vše jako hlavička bloku kódu např. {r, eval=FALSE}

Ukázky

  • základní šablona Rmd dokumentu

  • jednoduché ukázky

Prezentace

  • na stejném základu

  • balík xaringan, pro stylování potom xaringanthemer, instalace z githubu

  • nové slajdy se oddělují ---

  • formátování slajdů

  • turiálová prezentace

Extenze

  • balíky
  • bookdown - rozšíření pro psaní knih, ukázky zde
  • pkgdown - tvorba webu z dokumentace R balíku, např. ggplot2
  • a další možnosti

Quarto

Quarto

  • nový software (první release 2021) založený na Pandoc
  • reiterace Rmarkdown, která ale není specifická pro R ale podporuje více jazyků
  • volná kombinace textu, kódů a výstupů z kódu
  • umožňuje tvorbu dokumentů, prezentací, knih, webových stránek a dalších
  • web + dokumentace

Quarto a RStudio

  • obojí vyvíjí firma Posit (dříve RStudio)
  • RStudio je nativní prostředí pro tvorbu qmd, ale dobře funguje i VS Code
  • menší rozdíly od Rmarkdown v zápisech, aby byly zápisy obecnejší a fungovalo s více jazyky
  • na určité typy projektů velice vhodné

Dotazy?